Director del Área Académica y además también es hoy el Secretario General Adjunto del Consejo Superior Universitario Centroamericano CSUCA. Ha sido responsable de formular, gestionar y coordinar numerosos programas y proyectos centroamericanos en educación superior, así como establecer, apoyar y dar seguimiento al desarrollo de los sistemas regionales de la Confederación Universitaria Centroamericana, tales como el Sistema Centroamericano de Evaluación y Armonización de la Educación Superior SICEVAES, el Sistema Regional de Investigación y Posgrado SIRCIP y el Sistema de Internacionalización de la Educación Superior Centroamericana, SIESCA.

Durante muchos años jugó un papel destacado en el establecimiento y desarrollo de organismos regionales de evaluación y acreditación de calidad de la educación superior en América Central, tales como el CCA, ACAAI, ACAP y ACESAR y fue fundador y miembro Directivo de Redes internacionales de acreditación de calidad de la educación superior, como INQAAHE y RIACES. Ha trabajado para el CSUCA desde noviembre de 1993. Francisco Alarcón recibió un Doctorado Honoris Causa en Educación de la Universidad Nacional Autónoma de Nicaragua Managua. Además, obtuvo el grado de Maestro en Ciencias en Manejo de Zonas costeras tropicales en la Universidad de Newcastle upon Tyne, en Inglaterra y su Licenciatura en Biología Marina con énfasis en Acuicultura en la Universidad Nacional de Costa Rica. Francisco Alarcón ha obtenido además una certificación a nivel de posgrado en Integración Regional por el Colegio de México y otra en Gestión Universitaria por la Universidad de Kassel de Alemania. Asimismo, ha sido consultor internacional y autor de numerosas publicaciones internacionales sobre educación superior.